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Das Institut betreut die universitäre Ausbildung in Klinischer Mikrobiologie/Infektiologie der Studierende der Humanmedizin, Zahnmedizin, Pharmazie und Zellbiologie.
Die Forschung am Institut konzentriert sich auf Fragen der Pathogenese von ausgewählten Infektionskrankheiten (Atemwegs- und ZNS Infektionen), die mikrobielle Populationsdynamik (Pneumokokken Zentrum) und die Epidemiologie und die molekularen Mechanismen der Antibiotikaresistenz von bakteriellen Krankheitserregern.
Das Institut arbeitet eng mit der Universitätsklinik für Infektiologie am Berner Inselspital zusammen. Dort angesiedelt sind das infektiologische Ambulatorium mit Sprechstunden für HIV-infizierte Patienten, für Reise- und Tropenmedizin und für allgemeine Infektiologie; der infektiologische Konsiliardienst; die Spitalhygiene; und die pädiatrische Infektiologie der Kinderklinik.
Die beiden Co-Direktoren des Instituts sind gleichzeitig verantwortlich für die Leitung der Universitätsklinik für Infektiologie (Prof. M. Täuber), resp. die Leitung der Spitalhygiene am Inselspital (Frau Prof. K. Mühlemann).
Das Institut für Infektionskrankheiten (ifik) nimmt Aufgaben der diagnostischen Mikrobiologie in den Fachrichtungen Virologie, Bakteriologie, Mykologie, Parasitologie und Immunologischer Infektionsabklärung wahr. Es vereint damit als einziges Universitäres Institut in der Schweiz im Bereich der Klinischen Mikrobiologie alle mikrobiologischen Spezialdisziplinen unter einem Dach.